“小柯”秀

《做作-措施学》

钻研职员开拓三维柔性精化工具

加拿大多伦多大学的小柯David J. Fleet以及Ali Punjani相助开拓了三维柔性精化（3DFlex）工具，可能经由冷冻电镜测定柔性卵白的小柯妄想以及行动。相关钻研下场克日在线宣告于《做作-措施学》。小柯

据介绍
，小柯柔性大份子建模是小柯单粒子冷冻电镜（cryo-EM）的主要挑战之一 ，有可能剖析妄想生物学中的小柯根基下场
。

钻研职员开拓了3DFlex工具，小柯这是小柯一种基于行动的神经收集模子，用于冷冻电镜数据的小柯不断份子异质性 。3DFlex运用了这样一种知识 ，小柯即卵白质的小柯构象变异艰深为在空间上传输密度并倾向于坚持部份多少多形态的物理历程的服从。凭证二维图像数据，小柯3DFlex可能判断高分说率的小柯3D密度，并提供柔性卵白质在其构象上行动的小柯清晰模子。

在试验中，小柯对于大份子机械（三snRNP剪接体复合物  、易位核糖体）以及小的柔性卵白质（TRPV1离子通道、αVβ8整合素、严正急性呼吸零星综合征冠状病毒2型刺突），3DFlex在学习非刚性份子行动的同时，可能剖析挪移二级妄想元素的细节。

总之 ，3DFlex可能将3D密度分说率后退到现有措施的极限之外 ，由于粒子图像在构象景不雅长贡献了相关信号。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41592-023-01853-8

《细胞-代谢》

脂肪肝细胞外囊泡改善转移性肿瘤微情景

美国雪松-西奈医学中间Ekihiro Seki钻研组发现，脂肪肝细胞外囊泡（EVs）改善转移性肿瘤微情景。这一钻研下场克日宣告于《细胞-代谢》。

脂肪肝中的肝EV经由增长致癌的yes相关卵白（YAP）信号传导以及免疫抑制微情景，增长了却直肠癌肝转移的妨碍。脂肪肝上调Rab27a表白 ，增长肝细胞发生EV。在肝脏中，这些EV将YAP信号调节microRNA转移到癌细胞中，经由抑制LATS2增强YAP活性。在结直肠癌肝转移伴脂肪肝中，YAP活性飞腾 ，经由发生CYR6一、M2巨噬细胞浸润，增长癌细胞妨碍以及免疫抑制微情景。同时，结直肠癌肝转移及脂肪肝患者细胞核YAP表白、CYR61表白飞腾，M2巨噬细胞浸润飞腾。

数据表明，脂肪肝诱惑的EV-microRNAs、YAP信号以及免疫抑制微情景增长了却直肠癌肝转移的妨碍。

据悉，肝转移是结直肠癌患者降生的主要原因 。脂肪肝增长肝转移 ，但其机制尚不清晰。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1016/j.cmet.2023.04.013

《做作-遗传学》

原发性以及转移性癌症的遗传免疫逃逸概况

荷兰乌患上勒支大学医学中间的Edwin Cuppen以及Francisco Martínez-Jiménez相助提出了原发性以及转移性癌症的遗传免疫逃逸（GIE）概况 。相关钻研下场克日在线宣告于《做作-遗传学》。

近些年的钻研已经表征了原发性肿瘤的免疫逃逸概况。可是，早期转移瘤在GIE患病率以及能源学方面是否存在差距仍不清晰。

钻研职员对于6319个经由不同处置的肿瘤样本6条免疫逃逸道路中的GIE盛行率妨碍了泛癌特色合成 。为处置种系以及肿瘤中HLA-I基因座的重大性，钻研职员开拓了一个开源的综合框架LILAC 。1/4的肿瘤具备GIE修正
，在癌症规范中具备较高的机械性以及频率可变性 。原发性以及转移性肿瘤之间的GIE患病率艰深为不同的。钻研职员发现，肿瘤演化中抉择了GIE修正，HLA-I杂合性的局灶性损失每一每一会消除了HLA等位基因 ，泛起出最大的新表位库。

最后 ，高突变负荷肿瘤展现出作为免疫逃逸机制的HLA-I杂合性的局灶性损失趋向，而在高突变肿瘤中，其余免疫逃逸策略占主导位置。

相关论文信息：

https://doi.org/10.1038/s41588-023-01367-1